在组织或细胞培养过程的许多步骤中都使用水。它是缓冲液和介质的主要成分，用于溶解添加剂和药物，以及冲洗生物反应器，塑料制品和玻璃制品。因此，水质可能在细胞培养实验结果中起重要作用。

细菌，酵母或霉菌对细胞培养物的污染一直是一个令人担忧的问题，科学家竭尽全力避免它们。这些污染通常是肉眼或通过光学显微镜可见的。但是，化学物质的污染也可能影响培养细胞的生长，形态或行为，但肉眼无法察觉。

水中天然存在的一些化合物会影响细胞培养：

细菌和内毒素
细菌污染会导致培养基pH值突然变化并污染纯培养物。此外，大多数革兰氏阴性细菌会释放内毒素，这是一种复杂的脂多糖（LPS）。巨噬细胞和单核吞噬细胞响应内毒素刺激释放多种促炎细胞因子。内毒素也会影响其他类型的细胞，甚至缺乏CD14内毒素受体的细胞。影响包括细胞生长和功能的变化，克隆效率以及重组蛋白的产生。

无机离子
汞，铅，锌，镍，铬和镉等重金属已被证明对各种细胞（包括神经胶质细胞和神经细胞）有毒。镁抑制6-磷酸葡萄糖脱氢酶和DNA核酸酶II。锰导致DNA聚合酶将核糖而非脱氧核糖掺入新生的DNA链中。

有机化合物
小有机分子通常存在于原水供应中（腐殖酸，单宁酸，农药，内分泌干扰物等），并可能残留在自来水中。已知这些物质会影响细胞的发育，因此应在实验室级水的生产过程中通过适当的方法将其除去。 

此外，水还用于许多与细胞培养有关的仪器中，例如高压灭菌器和培养箱。