根据分析目标，安捷伦气相色谱仪色谱柱的类型，操作仪器的挡次和具体检测器，若运用不合要求的低纯度气体，不良影响有以下几种可能：
1、样品失真或消失：如H2O气使氯硅样品水解；
2、气相色谱仪色谱柱失效：H2O，CO2使分子筛柱失去活性，H2O气使聚脂类固定液分化，O2使PEG断链。
3、有时某些气体杂质和固定液相互作用而发生假峰；
4、对气相色谱仪柱保存特性的影响：如：H2O对聚乙二醇等亲水性固定液的保存指数会有所增加，载气中氧含量过高时，不管是极性或是非极性固定液柱的保存特性，都会发生变化，运用时间越长影响越大。
为了避免发生上述不良影响，可运用安捷伦气相色谱仪色谱数据处理的这四个步骤：
1、噪声滤除：从气相色谱仪色谱图采样数据中滤除各种频率的噪声。
2、信号峰检测：检测气相色谱仪每个信号峰的起点及其他特征点。
3、基线校对：校对并扣除布景基线。
4、气相色谱仪堆叠峰切开：用数学方法分化物理上未能分离的堆叠峰。
掌握了正确运用手法，安捷伦气相色谱仪的运用注意事项也有必要铭记于心：
1、气路装置气体过滤器和氧气捕集器；氧气捕集器再生：
2、气相色谱仪ECD运用填充柱时也需供给尾吹气（2～3ml/min）；
3、操作温度为250～350℃。不管色谱柱温度多么低，气相色谱仪ECD的温度均不应低于250℃，否则检测器很难平衡。
4、气相色谱仪封闭载气和尾吹气后，用堵头封住出口，避免空气进入。
