一般来说，数码显微镜的聚光器是固定在主机架下方的燕尾轨槽里，而且只有能上下滑动的整体结构，不偏离中心。但是有时也不然。例如当缩小孔径光栏观察数码显微镜的聚光器上下滑动时的光孔.可以发现光孔位置的改变，这时就有必要使聚光器合轴调整。聚光器的支架不能调整，但支架与数码显微镜聚光镜的接合部位有三支暗孔中小螺旋.通过这些小螺旋可以使聚光镜合轴。

物镜转换器有4-6个物镜旋槽，同时旋进各种放大率的物镜。这些物镜的工作距离，焦点深度均有差异。每转换一物镜都有一个滚珠扣位，以保证物镜处于光轴上。像北京瑞科中仪科技有限公司新近出产的大型显微镜的4-6个物镜，尼康显微镜都是等光程齐焦距物镜。因此由低倍物镜对焦距离转换到生物显微镜的高倍物镜时，几乎可以不进行大的调焦操作，数码显微镜便能看到同一视野目标细节。因此奥林巴斯显微镜的物镜不必进行合轴调整.如果必要的话，只需改动物镜转换器燕尾滑轨的终止点上的小螺丝。调整此螺丝仍不能使物镜合轴时，只好考虑聚光镜的光轴调整方面来纠正物镜的离轴现象。物镜偏离中心严重时，用户无法自行调整，这时只好在高倍放大下的视野中心在转换低倍时，偏离何处的位置记录下来。用此方法掌握每只物镜的偏离位置以备转换物镜观察时，迅速寻找同一标本的细节。现今许多大光学公司出售的大型研究系列显微镜中，数码显微镜主机的物镜转换器的燕尾滑槽的播入方向与显微镜主机正面成45°夹角，这就解决某种可能性，以调节插入后停留位置给物镜合轴偏差的问题。

现代大型光学公司所出售的数码显微镜的物镜，都是经过严格检验之后才出厂。但是总是有些物镜在组装水平上有差异的.常出现的缺陷是慧差，像散，球差等毛病。这类缺陷可用干涉条纹法进行检测。例如拿一张严重曝光之后显影的暗黑的胶片，用显微镜找到比显微镜分辨率还小的漏光孔.当物镜焦点对准小孔，出现边缘小亮点。如在用微动调焦螺旋提升物镜时和下降物镜时，如果在显微镜的像平面前或后都出现相同的圆孔衍射图样(衍射环)的话，这物镜的性能正常。若是像平面前后的衍射环一大一小时.证明物镜的球差严重。物镜像平面前后出现方向不同的扁环，或托尾的慧差等奇怪图样时，可以认为物镜组装不准确。对于有性能缺陷的物镜，可以拆卸下来在各镜组间加薄塑料垫圈.这点要多次重复试调.较高级复消色差物镜是由5-6组镜组装成的，因此试看在哪一组之间的间距影响性能的问题，不是轻易解决的。当然对于数码显微镜物镜结构和拆卸方面没有经验的人员，不必自己动手。至于前透镜开胶脱落时，只好找专门装配技术专家修配。上述现象的出现也有可能是研磨镜片不准，造成曲率不齐.这种数码显微镜物镜应算不合格产品。