净化工程往往会碰到以下问题:

1、灵活性不足，生产工艺难以调整
这种情况在电子行业居多，目前无尘室多以金属壁板做隔断及吊顶，风口在金属壁板上开孔安装，灯具则直接安装于金属壁板吊顶下，这样的安装方式是很难改变的。电子工业由于技术发展极为迅速，一种产品或生产工艺几年之内就可能淘汰，原有的厂房需要重新布局以适应新的生产工艺，而无尘室恰恰又很难改动。
2、能耗大，造成初投资及运行费上升
这种情况也多见于电子行业，多数电子厂房规模大，生产厂房往往几万平方米甚至更大，其中大部分可能是无尘室，目前国内净化空调系统以常规净化空调机絠 ，加上送回风管及末端的HEPA或ULPA组成，因厂房面积大，送回风管很长，送风机压头必然选得较高，造成空调系统用电量很大，运行费很高，而在我国目前供电系统尚处于垄断经营的局面下。
3、吊顶上空间紧张，管线布置，施工均困难
这种情况多见于改建工程，而改建工程正是目前数量*多的净化工程，在众多的改建工程中，层高偏低是一个普遍矛盾，而对于一个无尘室来说，有着众多性质的各种管线，如送回风管，工艺排风管，一般排风管，冷却，冷冻水管，纯水管，压缩空气管，各种工艺气体管，消防管，电缆桥架等，不仅管线众多，而且往往相互交错，如果层高太低，管线的布置及施工将变得非常困难，各种管道往往必须互相绕开，风管必须做得很扁，导致管材的浪费，也增加了流动的阻力。