溶剂提取法
溶剂提取是花青素的常规提取方法，溶剂多选择甲醇、乙醇、丙酮、水或者混合溶剂等。为了防止提取过程中非酰基化的花青素降解，常在提取溶剂中加入一定浓度的盐酸或者甲酸，但在蒸发浓缩时这些酸又会导致酰基化的花青素部分或全部的水解。另外，对于提取物中可能含有脂溶性成分的样品，需采用有机溶剂如正己烷、石油醚、等进行萃取。传统的溶剂提取方法提取时间长，生产效率较低，且热溶剂容易造成花青素降解以及生理活性的降低。
国外提取花青素的传统方法是采用低温（4~8℃）或者常温（25℃）避光条件下1%HCl甲醇溶液浸提16~20h，或者采用5%、1%的三的甲醇溶液，4℃条件下浸提24h。考虑到食品中残留甲醇的毒性，也有用1%的HCl乙醇溶液代替甲醇溶液。另外为了避免酰基化的花青素的水解，也可选择弱酸如酒石酸、柠檬酸代替盐酸。而国内则多采用热溶剂（50~70℃）浸提1~2h的方式，溶剂可选择不同浓度的醇溶液或酸化的水溶液。
加压溶剂萃取法
加压溶剂萃取，又称加压液体萃取（PressurizedLiquidExtraction，PLE）、快速溶剂萃取（AcceleratedSolventExtraction，ASE），它是通过外来压力提高溶剂的沸点，进而增加物质在溶剂中的溶解度以及萃取效率的。
PSE技术对于食品中功能成分的提取主要集中在类黄酮、酚类物质以及其他抗氧化活性成分的研究上。该技术在花青素的提取方面也有报道。采用此技术优化紫甘蓝中花青素的提取工艺，参数为：样品215g，温度99℃，提取时间7min，溶剂为V（水）:V（乙醇）:V（甲醇）=94:5:1。
水溶液提取法
有机溶剂萃取的花青素多有毒性残留且生产过程环境污染大，有鉴于此，水溶液提取应运而生。该方法一般将植物材料在常压或高压下用热水浸泡，然后用非极性大孔树脂吸附；或直接使用脱氧热水提取，再采用超滤或反渗透，浓缩得到粗提物。
微生物发酵提取法
此方法将生物发酵技术应用于花青素的提取之中，是生物科学与化工生产之间的强渗透与有效结合。微生物发酵法利用微生物或酶让含有花青素的细胞胞壁降解分离，使细胞胞体内花青素充分溶入到提取液中，从而增加提取的产率与速率。
其他提取方法
包括高压脉冲电场辅助提取、双水相萃取、超高压辅助提取。前两种可应用于蛋白质、核酸、多糖的提取研究，而超高压辅助提取已成功用于葡萄中花青素的提取之中，且对比发现高压辅助提取花青素等多酚类的效率可以提高近50%。
