如果天然气全分析色谱仪的基线一直向下漂移，即“水平”值逐渐下降到负值，很可能是载气泄漏，需要查明各路是否有泄漏连接器组件。如果没有泄漏，但基线仍然漂移，这可能是电路系统的故障。分析人员可以发现并排除色谱仪气路的故障，但排除气路的故障并不容易，这需要分析人员对电子电路有一定的了解，并且清楚色谱仪主机接线图及各系统电气原理图。
色谱电路系统的故障一般是温度控制系统和检测放大系统的故障。当然，每个系统的电源故障并没有消除。温度控制系统的主电路由可控硅和电热丝组成。晶闸管导通角的变化改变了加热功率和温度。然而，色谱仪控制晶闸管导通角变化的是辅助电路，包括铂电阻和线性集成电路。
天然气全分析色谱仪流量不足原因：
(1)直观检查：首先检查仪器系统是否有明显的漏气声。在仪器系统气路有较大的泄漏发生时，很可能导致流量调不上去。如果听不到漏气声则转入(3)进行。
(2)查漏：听到有漏气声之后，可依照声音发出的方向而逐步定位。此时可利用皂液的涂抹进一步确定漏气的发生处。找到原因后及时堵漏。
(3)柱前压观察：观察柱前压指示表的数值大小，可迅速判断是气源引起的故障，还是仪器内部气路堵塞及损伤造成的。如果是柱前压太低(精确地说是比正常流量操作时的预定压力值低)，则说明气源需要检查；如果柱前压正常则需要检查仪器的内部气路。
(4)钢瓶高压检查：打开钢瓶阀后，观察高压表指示，压力应在1~15MPa之间。如果压力在1MPa以下，停用该钢瓶，换气；如压力值在合适的范围内，说明钢瓶压力正常。
(5)减压阀上低压输出检查：调节减压阀看钢瓶上低压表指示能否调到0.25~0.6MPa之间。如果正常，可怀疑气路过滤接头有堵塞或者是仪器上的稳定阀有问题，此时应按照(6)来进行；如低压值不正常，则说明减压阀有问题，需进行(7)的修理。
(6)过滤器堵塞及稳压阀检查：将过滤器出口到仪器气源入口处的接头缓缓旋开，观察是否有较强的气流从接头处跑出。如有，则说明过滤器不堵塞，稳压阀可能有问题。在确定稳压阀不出气后，可进行阀拆卸与清洗，这可能是稳压阀内阀针与阀座间堵塞所致。如清洗后阀仍不能正常工作，换一个新阀；在上面试验中若无较强气流从旋开的接头中流出，需要检查过滤器入口前后可能堵塞之处；当然中间管线的堵塞也是可能的，但发生率甚小。
(7)减压阀修理：在明了减压阀的结构之后，可拆卸修理减压阀。由于该减压阀入口一侧有高压，有条件的，建议换用新阀；换阀时必须注意到，氢气表或氧气表应与其它气源表所用减压阀分开使用，减压阀上应标明其专用的气源名称。
