高纯气体分析色谱仪色谱柱的选择在整个建立分析方法的过程中是很重要的。色谱工作者分析一个样品时，需要考虑怎样才能在最短的时间内定性定量的分析出最多的组分。这样就要求选择一根合适的色谱柱，它既能满足分离的要求，又能满足快速的要求。不仅要考虑被测组分的性质，还要考虑到实验条件(例如柱温、柱压的高低)，包括对仪器的了解。这其中最主要的是对色谱柱的选择，对色谱柱各个方面性质的了解有助于这些工作的开展。
高纯气体分析色谱仪色谱分离的基本原理是试样组分通过色谱柱时与固定相之间发生相互作用，这种作用的大小与固定相和组分分子的性质及结构有关；正是由于这种相互作用大小的差异，各组分在色谱柱内滞留的时间就不同，从而使他们相互分离，按先后次序从色谱柱中流出。因此，固定相是色谱分离过程中关键性的部分。
高纯气体分析色谱仪压力指示异常的原因：
1.恒流泵单向阀污染。如果淋洗液或水中有少量的固体杂质，有可能污染单向阀。单向阀污染后会产生压力不稳定，甚至压力为0的现象。解决的方法是更换单向阀或将单向阀取下后清洗后再装上。
2.六通进样阀堵塞。在开泵状态下卸开每一个孔路，观察流液情况进行确定和相应的冲洗处理。
3.色谱柱入口处滤膜堵塞。将色谱柱取下并拧下柱头，小心取出其中的滤膜，放人1：1的硝酸中浸泡，超声波清洗30min后，用去离子水冲洗后装上；或将色谱柱反接后冲洗。此方法建议专业的人来完成，使用者不要轻易使用。
4.抑制器或电导池流路系统处有地方卡死。方法检查色谱柱后面部分，观察每个接头的地方是不是有被卡死的现象，并做想应的疏通处理。接头不要卡的太紧了。
