LC3000液相色谱仪的工作原理是流动相在累加器是高压泵入系统，样品溶液进入流动相，取样器是流动相在色谱柱(固定相)，由于各种组件的样品溶液两个阶段有不同的分配系数，相对运动的两个阶段，经过几次的吸附-解吸过程中，各组分在移动速度上的分布有很大的差异，从逸出的色谱柱中分离出各个组分，通过检测器，将样品浓度转换成电信号发送到记录仪，数据以地图的形式打印出来。
LC3000液相色谱仪适用于水性体系和有机溶剂体系。当使用的洗脱液为水溶液时，称为凝胶过滤色谱法，它在生物学领域得到了更广泛的应用。那么，如果进入气泡怎么办？
观察气泡在哪里！如果它在泵的前面，则拧下排气阀。如果它进入仪器管线内部，请移开色谱柱，并以低流速用异丙醇冲洗过夜。如果难以进入色谱柱，请在反相色谱柱中使用纯甲醇，降低入口并提高出口，以使气泡出来。过夜的流量也很低。不要将检测器连接到出口，并使用窥视管连接废物。液体瓶可以。
LC3000液相色谱仪容易进入气泡的地方是流动相的过滤头。几乎有99%的气泡从那里进入，因此，当通过泵进入色谱柱时，需要添加一个PURGE阀。如果有气泡，可以将它们直接排出，有时在更换系统时，由于有色谱柱时压力太高，色谱柱无法承受，因此1-2ml/min的流速只能用于冲洗系统，但如果打开PURGE阀，则流速可设置为2-3甚至5ml/min。在这种情况下，转换系统的速度非常快，从而节省了大量时间。
