应用透射荧光显微镜时, 根据不同研究目的,不同荧光素需要选用不同激发滤光片和与之相匹配的阻挡滤光片,而在落射荧光显微技术中需要选用激发滤光片、色光分离反射滤光片和阻挡滤光片,选择和搭配时必须遵守下述原则。
(1)滤光片的顺序不能颠倒,最靠近光源处为吸热滤光片,次之应放置激发滤光片组合，而后为被检标本.最后安放阻挡滤光片,这是透射荧光显微镜的滤光片使用顺序。在落射荧光显微镜应用中在激发滤光片和被检标本之间必须加进色光分离反射滤光片(FT或RKP)。
(2)使用滤光片时必须遵守斯托克斯定律:吸热滤光片的透射波长<激发滤光片的透射波长<色光分离反射滤光片的透射波长<阻挡滤光片的透射波长。
(3)使用滤光片时必须注意配用滤光片的透射谱线之间愈是相互靠近愈好。