1、选择合适的真空泵。真空离心浓缩仪浓缩干燥样品的原理是通过制造真空环境来降低溶剂沸点、使得溶剂变得容易蒸发，所以，真空泵的选择至关重要。选择合适的真空泵对实验效率、样品活性等都是一个很大的影响。真空泵并不是越高级越好，选择要针对实际的实验情况，尤其是溶剂种类来选择。不同的溶剂其沸点与凝固点不同，常压下中低沸点溶剂（如乙醇）和高沸点溶剂如DMSO对泵的要求也不同。
2、真空控制功能。选择好了真空泵并不意味着真空问题就解决了，还要确定是否需要调整抽气速率、是否需要泵的关与开等，如果任由泵无限抽真空，会导致样品结冰，反而降低浓缩效率；如果一味提高浓缩效率将真空值设得不够高的话，又会对样品活性造成影响，所以为了的浓缩效果和样品的活性，真空控制功能是第二个要考虑的因素。
3、选择合适的主机和转子。根据样品量大小、盛装样品的容器类型、对浓缩效率的期许和日后浓缩系统的拓宽和升级等诸多情况，综合考虑蒸发面积的影响、温度对蒸发效率的影响、合适的离心机转子、是否需要联用冻干机、是否需要测定样品温度等选择的主机。
4、是否需要冷阱。冷阱有-55℃，-85℃和-110℃等多种温度，主要选择的依据是凝结什么类型的样品。通常，水溶液选择-55℃冷阱，有机溶剂选择-85℃冷阱。同时，还需要根据您的样品量大小、溶剂是否需要回收利用以及经费预算等情况综合考虑。
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