分光光度计读数不稳定可能是实验者最头痛的问题。灵敏度越高的仪器，表现出的吸光值漂移越大。事实上，分光光度计的设计原理和工作原理，允许吸光值在一定范围内变化，即分光光度计有一定的准确度和精确度。
1、核酸本身物化性质：
溶解核酸的缓冲液的pH值、离子浓度等在测试时，离子浓度太高也会导致读数漂移，因此建议使用pH值一定、离子浓度较低的缓冲液(如TE)可大大稳定读数。核酸的吸光值受pH值和缓冲液离子浓度影响。只有在一定的pH值和低离子浓度的条件下(如10mMTris-HClpH8.0)，才能得到精确的检测结果。水的pH值不稳定，可能导致检测误差。一些缓冲液在紫外范围内存在自身吸收，为了确保准确测量，请使用与悬浮或洗脱样品时相同的缓冲液。
2、样品的稀释浓度：
样品的稀释浓度同样是不可忽视的因素，由于样品中不可避免存在一些细小的颗粒，尤其是核酸样品。这些小颗粒的存在干扰测试效果。为了减少颗粒对测试结果的影响，要求核酸吸光值至少大于0.1A，吸光值在0.1-1.5A。在此范围内，颗粒的干扰相对较小，结果稳定。从而意味着样品的浓度不能过低，或者过高(超过光度计的测试范围)。
3、分光光度计操作因素：
如混合要充分，否则吸光值太低，甚至出现负值;混合液不能存在气泡，空白液无悬浮物，否则读数漂移剧烈;必须使用相同的比色杯测试空白液和样品，否则浓度差异太大;换算系数和样品浓度单位选择一致;不能采用窗口磨损的比色杯;样品的体积必须达到比色杯要求的最小体积等多个操作事项。
