监测项目依据水体功能和污染源的类型不同而异，其数量参多，但受人力、物力、经费等各种条件的限制，不可能也没有必要一监测，而应根据实际情况，选择环境标准中要求控制的包害大，影响范围广，并已建立可靠分析测定方法的项目，根据该原则，发达国家相继提出优先监测污染物，例如，美国（EPA)在“清洁水法”（CWA)中规定了129种优先监测污染物；前苏联卫生部公布了561种有机污染物在水中的极限允许浓度：我国环境监测总站提出了68种水环境优先监测污染物黑名单。
《地表水和污水监测技术规范》（HJ/T91-2002)中规定的确定监测项目的原则如下。
(1) 选择国家和地方的地表水环境质量标准中要求控制的监测项目。
(2) 选择对人和生物危害大、对地表水环境影响范围厂的污染物。
(3) 选择国家水污染物排放标准中要求控制的监测项目。
(4) 所选监测项目有“标准分析方法”和“全国统一监测分析方法”。
(5) 各地区可根据本地区污染源的特征和水环境保护功能的划分，酌情增加某些选测项目：根据本地区经济发展、监测条件的改善及技术水平的提高，可酌情增加某些污染源和地表水监测项目。
