水的常规灭菌处理为投药与紫外线灭活。例如目前广泛用为饮水的纯净水就经反渗透脱盐后，再经紫外线杀菌处理的。小容量用水（≤10t/h）可以使用二氧化碳或臭氧杀菌。工业生产中则以氯气或次氯酸钠为多见，也可使用二氧化氯可臭氧。外购的氯气用钢瓶贮存，用加氯机投加，电解食盐（或海水）得到的是次氯酸钠，无需专用投加设备，即可送入被处理水中。 臭氧用净化过的空气经高压放电装置制取，目前有中小型臭氧发生器用于小区供水或空调冷却水系统的灭菌，同样适用于反渗透装置的灭活处理，多余的臭氧同样可以用活性炭吸收处理。 二氧化氯可由氯酸钠制取，在饮用水处理和工业冷却水处理中作用的也很多。氯酸钠有爆炸危险，应慎重使用。 在反渗透水处理工艺中，除了运转中的杀菌之外，还在设备停用中的杀菌问题。通常在停机48h以内可用原水冲洗，超过48h可用1.5%亚硫酸氢钠液保存，达到2周应使用甲醛消毒液杀菌或者我公司提供的消毒液灭菌。万万不可用市售的84消毒液对膜元件杀菌。