在使用反渗透设备时，尤其需要注意的是原水水质的预处理部分。为了能够有效避免发生堵塞反渗透膜系统的现象，原水应经过预处理以消除水质当中的悬浮物，降低水质的浊度，此外，还应进行杀菌操作以防止微生物的孽生。　由于反渗透对于原水中的悬浮物的要求很高，所以常用一种水质对受悬浮物污染情况的污染指数来对水质进行实际检测。此方法实质上是测定反渗透系统受水质当中悬浮物的污堵情况。进入反渗透系统水的污染指数以不大于5为宜，建议数值一般小于3。预处理的时候还应该要考虑到进水水质的pH值。各种半透膜都有其宜的运行pH值，故需按照反渗透膜的要求，调节进水水质的pH值。在运行预处理流程操作时还应该要考虑到进水的温度高低。膜的透水量是随着水温的增高而增大的，但温度过高会加快醋酸纤维素膜的水解速度，并且使有机膜质变软，较易于压实。所以，对于有机膜来说，通常将温度控制在约20 —40℃范围内为宜，复合膜温度控制在约5—45℃范围内为。