水体中的污染物种类很多，一般分为无机污染物、耗氧污染物、重金属离子、致病微生物和植物营养素等五类。
无机污染物：这类物质化学性质稳定，不易被微生物降解，主要来自炼焦、电镀、塑料、化肥、硫酸和硝酸等工厂排出的废水，如各种、、硫酸、硝酸等。水体中如果有过量的无机污染物，会改变水的pH值，使微生物不能生长，还会消耗水中的溶解氧，危害淡水生物。
耗氧污染物：包括碳水化合物、蛋白质、脂肪等自然生成的有机物，主要来自食品工业、造纸工业、化纤工业 排放的废水及生活污水，如碳水化合物、蛋白质、油脂、木质素、纤维素等。当水中微生物分解这些有机物时，要消耗水中的溶解氧，使水中缺氧，并产生硫化氢、 氨等气体，使水质恶化。它是生活污水中的主要杂质，是污水处理中优先考虑去除的污染物，通常用COD、BOD、TOD、TOC来表征该类物质在水中的含 量。
重金属离子：主要来自农药、医药、仪表及各类有色金属矿山的废水，如汞、镉、铬、铅、砷等各种重金属离子毒物，它在水中比较稳定，是污染水体的剧毒物质。
致病微生物：主要来自生物制品、制革业、饲养场和生活污水，有各种病*、病毒和寄生虫等种类。常能引起各种传染病。
植物营养素：主要来自食品、化肥、工业的废水和生活污水。有硝酸盐、亚硝酸盐、铵盐和磷酸盐等。这些营养素如果在水中大量积累，造成水的富营养化，使藻类大量繁殖，导致水质恶化。
此外还有另外一种通过性质分类的方法：
物理污染物主要包括：铁锈、泥沙、大颗粒物质、悬浮物、放射性污染物等，其中放射性污染物危害*大，但一般存在于局部地区。
按化学性质，可以分为无机污染物和有机污染物；按物理性质，可以分为悬浮性物质、胶体物质和溶解性物质。可溶有机污染物有农药、染色剂、消毒剂、除草剂、杀虫剂、气溶胶、动植物组织腐蚀物等；无机污染物有重金属如汞、镉、铬、铅、砷等各种重金属离子毒物，它在水中比较稳定，是污染水体的剧毒物质，使水变硬的Ca、Mg离子，CO2、N、P等物质。
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