气质联用仪被广泛应用于复杂组分的分离与鉴定，其具有GC的高分辨率和质谱的高灵敏度，是生物样品中药物与代谢物定性定量的有效工具。质谱仪的基本部件有：离子源、滤质器、检测器三部分组成，它们被安放在真空总管道内。接口：由GC出来的样品通过接口进入到质谱仪，接口是气质联用系统的关键。
色谱仪是在常压下工作，而质谱仪需要高真空，因此，如果色谱仪使用填充柱，必须经过一种接口装置-分子分离器，将色谱载气去除，使样品气进入质谱仪。如果色谱仪使用毛细管柱，因为毛细管中载气流量比填充柱小得多，不会破坏质谱仪真空，可以将毛细管直接插入质谱仪离子源。
气质联用仪的使用方法是什么呢？
一、开机操作
打开载气（He气），设置分压阀压力至0.5MPa。
2、打开计算机，进入Windows XP系统。
3、打开气相色谱7890NGC、质谱5975NMSD电源，等待仪器自检完毕。
4、在计算机桌面双击工作站图标“Instrument #1”，进入MSD化学工作站。
5、仪器稳定1～2小时。
6、观察真空泵状态；观察离子源、四极杆温度的实际值是否达到设定值。
7、设定条件，测定样品。
二、关机操作
1、在仪器控制菜单中，单击“视图”菜单，选择“真空控制”，进入诊断与真空控制界面。
2、在真空菜单中选择“放空”，工作站将柱温设为30℃，关闭辅助加热。该过程大约需要40分钟。
3、等待放空结束，退出工作站，关闭计算机。
4、分别关闭气相、质谱电源。
5、关闭载气He。
气质联用仪是一个气体运行的系统，因而仪器的密封性相当重要。毛细管柱进入质谱腔中的长度不适当，太长或太短都不行。垫圈要松紧合适，太松会有漏气的隐患，太紧则会压碎垫圈，每次更换色谱柱时需要更换新的密封垫圈。清洗离子源时打开腔体后要注意其密封性。
