自动核酸蛋白分离层析仪改变了传统的搅拌方式，采用特制的玻璃反应器。物料被循环泵驱动从底部的贮存室进入反应器的上部，再沿着与光源平行的管壁自上而下的形成薄膜降落、均匀而充分的接受光辐射，流回贮存室。这个过程不断的循环直至反应结束。
副反应少、处理量轻松可调物料与光源之间形成薄膜平行降落，充分、并均匀的吸收所需波长光的能量，物料对光子的吸收效率非常高。自动核酸蛋白分离层析仪使得反应物与光源部分不直接接触，避免中间产物持续的停留在光源部分的表面而导致的不必要副反应。可通过改变物料贮存室轻松提升系统的处理量，循环泵的加入使得该系统尤其适用于大处理量的反应。
自动核酸蛋白分离层析仪是否一定要评价柱效？
总体来说，还是建议进行柱效评价的，但柱效评价标准不能一概而论。
高标准：1)分子筛层析；2)反相层析；3)疏水层析；4)采用阶性梯度或线性梯度洗脱的离子交换层析。此类层析对分离度有较高要求，有些需要采用多梯度洗脱或线性洗脱，如果柱效不佳，往往会造成峰扩散或拖尾，会对纯化效果产生很大影响。
低标准：1)亲和层析；2)采用单梯度洗脱的离子交换层析。此类层析仅需采用单梯度洗脱，有时在产物洗脱下来后，还要立即进行稀释，以防产物聚集，因此对分离度要求较低。然而，过于严重的峰扩散和拖尾，也是会影响纯化效率的，因此柱效测定也*。
仅要求峰型及对称性：流穿模式。此类模式为目标产物流穿，杂质被吸附，如果填料装填不均匀，或者过于松散，仍会导致吸附不匀而影响载量和处理量。因此，评估柱效时建议观察一下峰型及对称性，如果峰型平滑，且对称性良好，即可接受。
建议标准：0.8
