藻类鉴定仪采用特定波长的一组LED光照射藻体中的叶绿素分子，叶绿素分子将部分吸收光以特定波长的荧光形式激发出来，检测荧光强度来计算叶绿素浓度。
同藻体中含有等量的同种色素，被激发出的荧光是一样(都被激发出680nm的荧光)。但同一种藻类收到不同波长单位强度的光照射时，发出的荧光强度不同，并且不同藻类受到相同波长单位强度的光照射时，发出的荧光强度也不同，因此可通过藻类的荧光激发光谱对藻进行分类测定。
另外，DOM和浊度会干扰藻类的测定，因此仪器还分别测定365nm和710nm的激发荧光对DOM和浊度进行补偿，以提高藻类测定的准确性。
仪器采用7种不同波长的光(365,450,525,570,590,615,710nm)，以*的频率依次照射藻类，并记录每次的信号值用于计算藻类的浓度，测量结果以ulg/l的形式显示在屏幕上，相应的DOM和浊度值也自动计算并显示。
藻类鉴定仪技术特性：
1、全自动监测藻类浓度在水体中的变化。
2、可同时测定总叶绿素、蓝藻叶绿素、DOM(溶解性有机物)、浊度，DOM和浊度值可自动修正叶绿素浓度。
3、几秒钟内检测含氰基的叶绿素浓度，有效预测毒性蓝藻的爆发。
4、易于集成到iTOXcontrol在线生物综合毒性系统。
5、数据快速存储和自动图形显示。
6、藻类浓度超过设定值快速给出报警信号。
7、易维护、低费用。
