由于现今水源污染越发严重，水质的富营养化、藻类的爆发、藻毒素的污染等等，都在危害着环境和人类的健康。在积极加强创建环境友好型社会的同时，藻类监测事业以逐渐在国内开展起来。另外，藻类水华与赤潮频发，关于有毒藻类的报道屡见不鲜，特别是部分地区藻类的爆发对城镇居民的生活用水造成污染。国家环保部、等部门先后召开工作会议，要求各地监测单位组织力量积极开展藻类监测。而藻类分类计数仪取代人工镜检计数，提高工作效率和准确性。
藻类分类计数仪主要应用于环保，卫生防疫，自来水，化工等单位，用于饮用水在线监测及河流、湖泊、海洋藻类以及浮游生物的测量监测和研究。性能参数编辑、打印：提供编写模板、文本输入、打印预览、数据导出：藻类统计数据导出到EXCEL。
目前，使用藻类分类计数仪进行藻类监测主要有在线监测和人工镜检两种方法。
在线监测：蓝藻、绿藻、硅藻等常见藻类含有叶绿素a，在一定波长的激发光作用下产生荧光，通过荧光检测仪器收集荧光信号，计算荧光值，利用荧光信号与叶绿素a浓度之间的比例关系，根据荧光反应特性的不同，区分各种藻类并间接测定水体中叶绿素a浓度、藻密度等参数。此种方法采用原位监测，快速简便，但测定数据受温度、光照强度、盐度、水体深度等多种环境因素影响;对藻类监测只能达到门，不能具体到属种，无法找出优势种，监测结果存在较大偏差。
人工镜检：采集水样，然后预处理，将水样滴加到细胞计数框上，制片，在显微镜下对100个视野中的藻类进行分类计数，判定优势种，计算藻密度。人工镜检方法可以对藻类进行直接观察计数并鉴定到属种，但不能进行原位检测，用时较长，容易产生视觉疲劳，人为判定也存在一些误差，同时需要操作者具有一定的藻类分类学知识和经验。而我国藻类监测起步较晚，基础薄弱，国内只有少数研究机构从事藻类监测工作，研究人员水平参差不齐，藻类监测领域人才严重短缺。
