一个完整的显微镜系统设计是十分复杂的，涉及到光学设计、机械设计、电路设计等多方面知识；现代
显微镜北京办事处显微镜大多数与计算机技术和自动控制技术相结合，是光机电算相结合的高科技产品。在这里以显微镜北京办事处这几年的显微镜设计实践为基础，做一些简单的知识总结。
首先，要根据显微镜北京办事处显微镜的使用要求来进行显微镜选型设计。显微镜已经有几百年的发展历史，它的形式也多种多样，根据不同的使用要求显微镜的各种参数有非常大的差异。
第二步，选好形式之后，初步选择它的外形尺寸和放大倍率、分辨率等主要参数。这一步在一般大学里的工程光学或者应用光学课程中都可以学到。除了目镜和物镜以外还有其它的一些附属光学元件也要考虑到，比如场镜、分划板、滤光片、转向棱镜、偏振片等等。这些初始结构的选择看似简单，但对后续详细设计来讲非常重要，如果初始结构计算不正确，那么将有可能使后续设计无法开展，或者设计到后来才发现前面初始结构计算不正确，导致前功尽弃。当然，这些计算结果也不可能是一成不变的，后面也许会有一些调整，但总体来说应该不要改变太大。
第三步，显微镜北京办事处详细设计物镜、目镜以及其它附属结构的光学系统。现代光学设计一般都使用各种光学设计软件，自动化程度大大提高，减轻了设计人员的劳动量。光学设计实际上就是消像差的过程，尽量提高系统的分辨率、消除像差是光学设计这所一直追求的。相信像差理论大家要懂得，这里就不详细说明怎样的结构能够对消除各种像差有影响。要强调的是一个“像差平衡”问题。理论上讲，没有像差的光学系统是不存在的，所以说“消像差”只是理想情况，更确切的说应该是“尽量减小像差”，使像差不能被接受器或人眼所感知，这就达到了我们的目的。
第四步，显微镜北京办事处设计显微镜的机械结构。由于有了计算机三维设计软件，机械结构设计也没有以前那么复杂了，但是基本的原理和基本的要求依然没变。
第五步，进行调光、自动调焦、自动工作台和计算机控制等方面的设计。这些在一般的显微镜设计中是不太必要的，但有些的研究型显微镜则需要进行这几方面的设计。现在国内外的自动调焦技术发展很快，也是研究热点之一，有很多自动调焦的算法，有兴趣的朋友可以多查一些科技论文看看。
第六步，软件设计。有些显微图像需要进行图像处理和专业软件，这些要与软件专业设计人员共同进行。
