在进行荧光定量PCR仪的实验时，不同组织样本的RNA提取适用不同的提取方法，因为荧光定量PCR仪对RNA样品的质量要求较高，所以，正式实验前要选择一款适合自己样品的提取方法，在实验过程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。
　　有关荧光定量PCR仪的扩增曲线和溶解曲线：
　　溶解曲线全部为单峰表明为特异性扩增。一般而言，荧光扩增曲线可以分成三个阶段：荧光背景信号阶段，荧光信号指数扩增阶段和平台期，其形状是一条平滑的S型曲线。
　　如果在荧光背景信号阶段出现很多拐点，可能的原因是体系未混匀或者存在固态杂质；
　　如果向下探头后又很快抬头然后又向下探头，可能原因是体系中模板量太高，建议模板稀释后再用。
　　如果引物二聚体存在则阴性对照会出现抬头现象，这在荧光定量PCR仪中很难避免；
　　若是阴性对照的溶解曲线出现和样品中同样的峰，说明体系配置中存在污染，则实验结果不可用。
　　在溶解曲线中出现双峰有三种可能：
　　1.引物峰，引物峰通常是两峰中的前面一个，消除的办法是降低体系中的引物量或重新设计引物；
　　2.在做基因表达差异时容易出现DNA被扩增峰（只在引物跨内含子时存在），出现原因是提取RNA时存在DNA污染，可以通过电泳验证，这时要重新消化RNA样品中的DNA；
　　3.扩增非特异，这时要重新摸扩增条件或重新设计并验证引物。