按照功能不同自动酶标分析仪可以分为光吸收酶标仪，荧光酶标仪，化学发光酶标仪和多功能的酶标仪。
1.光吸收酶标仪：
光吸收酶标仪是用来进行可见光与紫外光吸光度的检测。特定波长的光通过微孔板中的样品后，光能量被吸收，而被吸收的光能量与样品的浓度呈一定的比例关系，由此可以用来定性和定量的检测。光吸收的检测技术成熟，成本低，操作简单，但是动态范围窄，灵敏度比较低，特异性不强。一般可见光和紫外光分别采用钨灯及氘灯作为光源，而紫外/可见酶标仪是可以将两种光源进行切换，适应不同测量波长的需求。
2. 荧光酶标仪：
荧光酶标仪是用来进行荧光的检测。通过激发光栅分光后的特定波长的光照射到被荧光物质标定的样品上后，会发出波长更长的发射光，通过发射光栅后到达检测器。荧光的强度与样品的浓度呈一定的比例。荧光检测灵敏度高，可实时检测，使用方便，检测模式多样，但是容易受外界干扰，激发光与发射光容易互相影响，干扰检测。
3. 化学发光酶标仪：
化学发光酶标仪是来自生物化学反应中的自发光，可分为辉光型和闪光型两种类型。辉光型发光持久，稳定，能持续一段时间;闪光型发光时间短，变化快，稳定性不强，需要应用自动加样器才可以进行。化学发光酶标仪灵敏度非常高，动力学范围广。
4. 多功能酶标仪：
多功能酶标仪是以上三种酶标仪的集合，集成了两种或者三种酶标仪于一体，可以同时进行光吸收，荧光和化学发光的检测，功能*，使用范围广，可作为研究平台，避免了重复购买，是实验室的。
按照滤光方式的不同酶标仪可分为滤光片式酶标仪和光栅式酶标仪。
(1).滤光片式酶标仪：
滤光片式酶标仪采用滤光片来进行波长的选择，光源发出的全波谱光经过滤光片后，大部分被过滤，只剩下滤光片本身允许的波长通过，因此只能截取特定波长进行检测。
(2).光栅式酶标仪：
光栅式酶标仪采用光栅进行分光，光源发出的全波谱光线经过光栅后，通过光栅上面分布的一系列狭缝的分光，就可以获得任意波长的光，波长连续可调。光栅式酶标仪使用方便灵活，可选择任意波长的光，也能进行全波长的扫描，通过全波长扫描可以获得未知样品的吸收峰，从而可以达到检测未知样品的目的。
