因为微耕机的构造与铧式犁不同，所以作业方法也不一样，常用的作业方法有三种。
　　梭形耕法。
　　拖拉机由地块的一侧进入，往返旋耕。这种方法简单容易，但是每次拖拉机耕到地头都要转小弯，效率比较低。
　　向心回耕法。
　　拖拉机从地块的一侧进地后，沿着地块的四周进行绕行旋耕，逐渐缩小未耕区，zui后由地块中间耕出。这种方法空行较少，耕后地表平整、漏耕少，是水田旋耕时常采用的一种方法。应注意：转弯时要把微耕机提起，防止刀片或刀轴触地受扭力而损坏。
　　单区套耕法套耕法。
　　是在每依次耕完一趟后，即留下一个耕宽，耕到边以后，再反过来耕留下的那些未耕地。套耕法是每次间隔一个耕幅耕三趟，然后再反过来耕前两趟留下的未耕地，一直到耕完。间隔3-5个耕幅的小区套耕法是这一小区耕完后，再耕下一小区。