清理玉米中含有各种尘芥、有机和无机杂质。为了生产和产品质量，对玉米中存在的杂质必须进行清理。清理玉米的方法，主要采用筛选、风选等。清理设备有振动筛、比重去石机、永磁滚筒和洗麦机等。振动筛是用来玉米中的大、中、小杂物。筛孔配备，层筛面用直径17～20毫米圆孔，第二层筛面直径12～15毫米圆孔，除去大、中杂，第三层筛面选用直径2毫米圆孔除去小杂。比重去石机是用来除去玉米中的并肩石。由于玉米粒度较大，粒型扁平，比重也较大等特点，在操作时应将风量适当增大，风速适当提高，穿过鱼鳞孔的风速为14米/秒左右。鱼鳞孔的凸起高度也应适当增至2毫米，操作时应注意鱼鳞筛面上物料的运动状态，调节风量，并定时检查排石口的排石情况。永磁滚筒是用来玉米中的磁性金属杂质，应安置在玉米地入破碎机前面，防止金属杂质进入破碎机内。洗麦机可以清理玉米中的泥土、灰尘。经过清理后玉米的灰分可降低0.02～0.6%。